Así, desde diciembre de 2011, es el segundo entrenador de Simeone en el Atlético de Madrid. Después del patinazo en Salónica en el primer partido de la UEFA Europa League, el Atlético jugó la tercera jornada de liga en el Calderón contra el FC Barcelona. El club consigue, desde su llegada, dos Europa Leagues (la Segunda de ellas estando él en el banquillo en la final como primer entrenador por la expulsión de Simeone en semifinales), dos Supercopas de Europa (también estando él en el banquillo como primer entrenador en segunda final), una Copa del Rey, una Liga y una Supercopa de España, además de haber llegado a la final de la Champions League en dos ocasiones.
